بندرها به عنوان مرکزهای مهمی محسوب می شوند که حمل ونقل دریایی را به سایر روش های حمل ونقل متصل می کنند. از این جهت، بندرها را زیرساخت های مهمی برای حمل ونقل کالا، تجارت و اقتصاد جهانی می دانند. بنابراین، بهینه سازی برنامه ها و عملیات بندر، نقش بسیار مهمی در هزینه های حمل کالا و درآمدهای بندر خواهد داشت. برنامه ریزی پهلوگاه بخشی از عملیات بندر می باشد که شامل دو مسئله تخصیص پهلوگاه و تخصیص جرثقیل اسکله می شود که حل بهینه این دو مسئله می تواند بر روی سرعت و هزینه حمل کالا تاثیرگذار باشد. در این مقاله دو مسئله تخصیص پهلوگاه و تخصیص جرثقیل اسکله به صورت ادغامی مدل سازی و با استفاده از چهار الگوریتم فراابتکاری (GA, ICA, TS, ACO) حل می شوند. از آنجائیکه برنامه ریزی پهلوگاه در یک محیط دارای اختلال قرار دارد و ممکن است اتفاقات پیش بینی نشده ای در حین اجرای برنامه رخ دهد و هزینه های مضاعفی را برای بندر دربر داشته باشند و یا حتی مانع از اجرای برنامه اولیه شوند، برنامه ریزی مجدد برنامه اولیه پهلوگاه در شرایط وقوع اختلال الزامی می باشد. این مقاله برای یافتن روش بهینه برنامه ریزی مجدد پهلوگاه، دو روش برنامه ریزی مجدد سراسری و محلی را همراه با الگوریتم های فراابتکاری به کار گرفته است. نتایج این مقاله عملکرد مناسب دو الگوریتم GA و ICA را در حل مدل برنامه ریزی اولیه پهلوگاه و برنامه ریزی مجدد سراسری نشان می دهد. تحلیل های عددی نشان می دهند الگوریتم بهینه سازی کلونی مورچگان در کم ترین زمان ممکن، به بهترین پاسخ ممکن در روش برنامه ریزی مجدد محلی منتج می شود. ارزیابی و اعتبارسنجی مدل ها و روش های حل این مقاله با استفاده از داده های ورود و خروج کشتی ها در بندر شهید رجایی انجام می گیرد.